Quang Hải Quân đã khéo léo trong việc giữ chính sách trung lập giữa Mãn Châu và nhà Minh (Trung Quốc), đồng minh truyền thống của Triều Tiên. Tuy nhiên, sau khi Quang Hải Quân bị phế truất, phái Tây nhân đã theo đường lối thân Minh chống Mãn. Mãn Châu từ trước vẫn quan hệ tốt đẹp với Triều Tiên, thì nay bắt đầu lưu tâm tới Triều Tiên như một kẻ thù. Han Yun, người đã tham gia vào cuộc nổi loạn của Lý Quát, chạy sang Mãn Châu cầu cứu Nỗ Nhĩ Cáp Xích; mối quan hệ giữa Mãn Châu và Triều Tiên chấm dứt.

Năm 1627, 3 vạn kỵ binh dưới sự chỉ huy của A Mẫn (阿敏) và tướng Khương Hoằng Lập tiến đánh Triều Tiên, yêu cầu phục ngôi cho Quang Hải Quân và xử tử phái Tây Nhân đứng đầu là Kim Tự Điểm. Tướng Trương Văn lại một lần nữa cầm quân, nhưng không thể đẩy lui được quân xâm lược, vua Nhân Tổ phải chạy trốn đến đảo Giang Hoa. Trong lúc đó, quân Mãn Châu cảm thấy không có lý do để tấn công Triều Tiên nên quyết định rút về để chuẩn bi giải quyết nhanh chóng chiến tranh với nhà Minh. Hậu Kim và Triều Tiên tuyên bố nối lại quan hệ như cũ, sau đó Mãn Châu rút quân. Cuộc chiến này được lịch sử gọi với cái tên là Đinh Mùi Hồ loạn (丁卯胡亂, 정묘호란).

Tuy vậy, phái Tây Nhân vẫn giữ vững quan điểm của mình. Nỗ Nhĩ Cáp Xích có cái nhìn thiện cảm với Triều Tiên nên không muốn tấn công lân nữa. Nhưng chẳng bao lâu sau đó, khi ông mất. Hoàng Thái Cực lên kế vị, Mãn Châu lại chuẩn bị cơ hội đế xâm lược Triều Tiên. Khi tướng Minh là Mao Văn Long chạy trốn đến Triều Tiên cùng với quân đội của mình, Nhân Tổ đã che chở và giúp đỡ nên gây ra cuộc xâm lược lần thứ hai của Mãn Châu.

Năm 1636, Hoàng Thái Cực chính thức đổi tên nhà Hậu Kim thành nhà Thanh và tự mình tổ chức một cuộc tấn công xâm lược Triều Tiên lần thứ hai, lịch sử gọi là Bính Tý Hồ loạn (丙子胡亂, 병자호란). Quân nhà Thanh tránh đụng độ với lực lượng trấn thủ biên giới do tướng Lâm Khánh Nghiệp (Im Gyeong Eop), một viên tướng được nhà Thanh đánh giá cao. Hai vạn kị binh tiến thẳng đến Hán Thành trước khi Nhân Tổ có thể bỏ chạy đến đảo Giang Hoa, ông phải chạy tới Nam Hán Sơn thành (南漢山城, 남한산성) và bị vây đói tại đây.

Cuối cùng Nhân Tổ cũng đầu hàng nhà Thanh và ký Hòa ước Tam Điền Độ (三田渡, 삼전도), theo đó Nhân Tổ đã phải dập đầu cúi lạy tới chín lần như người đầy tớ với Hoàng đế nhà Thanh. Tiếp theo, hai Vương tử trưởng của Nhân Tổ bị đưa tới Trung Quốc như những tù nhân. Triều Tiên trở thành nước phiên thuộc của nhà Thanh vào năm 1636.